Muchos estudios genómicos han revelado asociaciones entre la composición de la microbiota intestinal y el metabolismo del huésped. Estas observaciones llevaron a la idea de que podría existir una relación causal entre la microbiota y las enfermedades metabólicas, un concepto respaldado por estudios que muestran cambios en la composición de la comunidad microbiana en las enfermedades metabólicas y la transmisibilidad del fenotipo del huésped a través de la transferencia de microbiota.
Los datos acumulados sugieren que la microbiota puede afectar los fenotipos metabólicos del huésped a través de la producción de metabolitos. Estos metabolitos microbianos bioactivos, huellas digitales sensibles de la función microbiana, pueden actuar como mensajeros de señalización de interkingdom a través de la penetración en la circulación sanguínea y los tejidos del huésped.
Estas huellas digitales pueden usarse para fines de diagnóstico, y una mayor comprensión de la especificidad de la cepa en la producción de metabolitos microbianos puede identificar cepas bacterianas o metabolitos específicos que pueden usarse con fines terapéuticos.
